客观日本

OIST、御木本等解读珍珠贝基因组,发现第九染色体具有可防御多种疾病的特征

2022年12月21日 生物医药

冲绳科学技术大学院大学海洋基因组学单元研究员竹内猛、教授佐藤矩行、水产研究与教育机构水产技术研究所主任研究员正冈哲治、御木本(MIKIMOTO)珍珠研究所高级研究员永井清仁等人组成的研究团队,成功地按照不同染色体高精度解读了珍珠贝的基因组。通过在基因组分析中使用高精度长读长测序技术,根据配子的基因型(单倍型)重建了基因组。对单倍型进行比较后发现,在含有大量识别病原体等异物基因的第九染色体中,遗传信息差异尤其大。该成果或有助于阐明珍珠贝的基因组育种和生物防御机制。该研究成果已经刊登于国际科学杂志《DNA Research》11月10日版上。

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珍珠贝与珍珠。用于项链、耳环、戒指等饰品的美丽珍珠来自珍珠贝,是日本的重要海产物。(Credit:株式会社御木本、御木本珍珠研究所)

珍珠贝是一种用于珍珠养殖的双壳贝,为日本重要的水产资源之一。但近年来,由于赤潮、病毒性疾病的流行、海洋环境的恶化等原因,其产量与鼎盛时期的1990年代前半期相比减少了三分之一。

此前研究团队一直致力于珍珠贝的基因组解读,2012年成功完成了主要基因组的解读,2016年发表了追加基因组信息的改良版。

此次研究团队利用最新测序仪的高精度长读长测序技术,对在福岛县相岛采集的野生珍珠贝进行了基因组解读。该方法将基因组以15~ 20kbp的长度进行片段化与重建,其长度是以往的数十倍,以此得到了更准确的基因组信息。此外,该方法还使不同单倍型的基因组信息得以明确,而以往的基因组解读是将基因组DNA片段化为约200~300bp之后进行解读和重建的。

珍珠贝由14对(28条)染色体构成,从其中的两组基因组中分别发现了约33,000个基因。

研究团队进一步比较了各染色体的单倍型,发现第九染色体中存在巨大差异。虽然其余染色体也有约100kbp的差异,但第九染色体的差异非常大,达到数Mbp级别。

为此,研究团队对该染色体进行了研究,最终判定其中存在多个与病原体等异物识别相关的基因。通过拥有不同基因,构成了能识别更多病原体的生物防御机制。

为维持养殖物的有用性状,通常会进行近交(近亲交配)培养。因此研究团队研究了近交对遗传多样性的影响,对御木本珍珠研究所养殖的同一系统的珍珠贝进行了三代近交,以杂合度为指标评价了第一代和第四代的遗传多样性。

结果显示,第一代的多样性为2~3%,而第四代的多样性减少至近1%。如果在涉及免疫基因的染色体上发生这种多样性减少现象,则生物的防御功能有可能下降。

此次的成果将有助于评价养殖珍珠贝的遗传多样性,也有助于通过元基因组分析寻找到病原体。

竹内研究员表示:“我们已经得知与异物识别和病原体识别相关的基因大量存在,今后希望通过揭示这些基因的功能,为理解珍珠贝的免疫机制做出贡献。此外,‘单倍型之间的基因结构大不相同’的现象,是珍珠贝特有的,还是在其它生物中也存在的,这一点也令人颇感兴趣。我们想把此次的基因组解读方法应用到其它海洋生物上,继续研究这一课题。”

原文:《科学新闻》
翻译:JST客观日本编辑部

【论文信息】
杂志:DNA Research
论文:A high-quality, haplotype-phased genome reconstruction reveals unexpected haplotype diversity in a pearl oyster
原文:DOI:10.1093/dnares/dsac035