日本多发的地震以外的灾害
火山
地理及气象条件使日本很容易发生火山、台风、暴雨等自然灾害。这样的自然灾害在过去曾夺走了许多人的生命并造成了巨大的财产损失。
比如，位于火山活动频繁的环太平洋地震带上的日本，分布着拥有世界最大规模火山口的阿苏山(熊本县)等108处的活火山。近年，在1991年6月3日，云仙岳(鹿儿岛县)喷发而产生的熔岩流造成43人死亡或失踪，在2011年1月，横亘鹿儿岛县及宫崎县的雾岛连山的新燃岳喷发，时隔52年的大爆发造成了机场的一时关闭和高速公路的通行禁止，大量的火山灰还造成了农作物受害等诸多影响。
台风及大暴雨引发的巨大灾害
每年从7月至10月，还会发生因台风和大暴雨造成的灾害。2010年7月，从西日本到东日本的广大范围内，雨季前锋了带来强烈降雨，岐阜县加茂郡创出了24小时降雨239.0毫米的国内观测史上的最高纪录。以九州北部地区、中国地区、东海地区等地为中心的各个地区不但发生了浸水及泥石流灾害，还发生了停电和停水，交通系统也受到影响。此次大雨在广岛县、岛根县、岐阜县造成了14人死亡或失踪。
关于台风造成的灾害，有风灾、水灾、潮灾、浪灾等，而且这些灾害同时出现并造成巨大损害的情况比较多。1959年的伊势湾台风，造成5,098人遇难及失踪者，并有15万1973栋建筑物倒塌或半倒塌，是日本曾经遭遇到的最大的自然灾害之一。在近年，2004年的第23号台风造成了全国共有98人死亡或失踪、721人受伤、2万1350栋民房倒塌、5万4347栋住宅浸水等巨大损失。因台风造成的海平面上升而引发的大海潮，导致浸水灾害的情况比较多。1999年第18号台风发生时，创下了4.5米的最高潮位纪录。
1961年，为应对各种灾害，政府制定了明确国家与地方公共团体的权限和责任的灾害对策基本法，充实和强化了防灾体制。除此之外，气象预报及灾害信息传达方法也得到完善。这一系列措施使自然灾害引起的损失明显减少。但是，面对自然灾害，如何尽力保护国土、国民及其财产，现在依然是日本的最重要课题。
