SSH学校不仅与所在地区的学校及国外的数理教育重点学校合作，还在学生的研究成果发表会等活动上与其他学校进行交流。
此外，文部科学省为了加强SSH指定校数理科目教育为中心的体系，从2010年开始，新设“核心SSH”，对SSH指定校进行支援。核心SSH学校所需完成的课题为“在所在地区建设核心基地（1～3年）”、“开展日本全国规模的合作研究（国际财团型）（1年）”、“与国外数理教育重点校开展合作（1年）”以及开展教师间的合作（1年）。
表２ 超级科学高中（2011年核心SSH入选学校）
| 1 | 千叶县 | 千叶县立船桥高中 | 公立 | 在所在地区建设核心基地 （指定期间：1～3年） |
| 2 | 滋贺县 | 滋贺县立膳所高中 | 公立 | |
| 3 | 大阪府 | 大阪府立大手前高中 | 公立 | |
| 4 | 和歌山县 | 和歌山县立日高高中 | 公立 | |
| 5 | 岛根县 | 岛根县立益田高中 | 公立 | |
| 6 | 福冈县 | 福冈县立小仓高中 | 公立 | |
| 7 | 青森县 | 青森县立八户北高中 | 公立 | 日本全国规模的合作研究（国际财团型） （指定期间：1年） |
| 8 | 爱知县 | 爱知县立一宫高中 | 公立 | |
| 9 | 兵库县 | 兵库县立尼崎小田高中 | 公立 | |
| 10 | 鹿儿岛县 | 鹿儿岛县立锦江湾高中 | 公立 | |
| 11 | 埼玉县 | 早稻田大学本庄高中 | 私立 | 与国外数理教育重点校开展合作 （指定期间：1年） |
| 12 | 东京都 | 东京都立小石川中学 | 公立 | |
| 13 | 神奈川县 | 横滨市立横滨尖端科学高中 | 公立 | |
| 14 | 静冈县 | 静冈理工大学 静冈北高中 | 私立 | |
| 15 | 爱知县 | 爱知县立时习馆高中 | 公立 | |
| 16 | 京都府 | 京都教育大学附中（高中） | 国立 | |
| 17 | 京都府 | 立命馆高中 | 私立 | |
| 18 | 大阪府 | 大阪府立高津高中 | 公立 | |
| 19 | 奈良县 | 奈良女子大学附中（初中） | 国立 | |
| 20 | 冈山县 | 冈山县立冈山一宫高中 | 公立 |
（共20校）【申请校30校】
